Nurdan Atalan

İngilizce Metin: https://o-date.github.io/draft/book/open-notebook-research-scholarly-communication.html

🔧”Bir Araştırma Özeti Oluşturun” notebook olarak başlatın. (Launch the ‘Make a Research Compendium’ notebook.)
“Temel notebook” başlatın. (Launch the ‘basic notebook’).
“archdata” notebook başlatın. (Launch the ‘archdata’ notebook’).

Dijital arkeoloji zorunlu olarak çok sayıda dosya üretir. Bu dosyaların bir çoğu veridir; çok daha fazlası ise bu verilerin manipülasyonları ya da temizlik ve analizin çeşitli aşamalarındaki verilerdir. Herhangi bir sürüm kontrolü veya revizyon geçmişi (önceki bölümde ayrıntılı olarak açıklandığı gibi) olmadan, bu dosyalar bir projenin ciddi bir başarısızlık tehlikesiyle karşı karşıya kalabileceği noktaya kadar hızla çoğalır. Hangi dosya ‘doğru’ verileri içeriyor? Doğru analizi? Daha kötüsü, birkaç ay aradan sonra bir projeye geri döndüğünüzü düşünün. Daha da kötüsü, Windows 7’den Windows 10’a Windows kullanıcılarına dayatılan türden büyük bir işletim sistemi güncellemesinden sonra. Kötü haberler devam ediyor: manyetik depolama arızalanabilir; çevrimiçi bulut hizmetleri hacklenebilir; projedeki kilit bir kişi ölebilir.

Veriler yayınlansa bile, verilerin yeniden sorgulanmak veya yeniden analiz edilmek üzere başkalarının erişimine açık olmaması sorunu vardır. Dergi makalelerinin yazarlarından gelen veri talepleri, ister kazara ister kasıtlı olsun, rutin olarak göz ardı edilmektedir. Araştırmacılar verileri yıllarca saklayabilir. Hepimiz bir materyal koleksiyonu üzerinde çalışma ve ardından orijinal makalenin yazarına yazarak kullanılan veri şemasının bazı yönleri için bir açıklama talep etme deneyimini yaşamışızdır, ancak yazarın ya öldüğünü, hiç not tutmadığını, sahayı tamamen terk ettiğini ya da sadece hatırlamadığını öğreniriz.

Bu uygulama için artık bir mazeret yok. Açık not defteri bilimi (ing. Open notebook science), materyalleri üretildikleri anda çevrimiçi olarak paylaşarak tüm araştırma sürecini şeffaf hale getirmek için bir dizi alanda bir araya gelen bir harekettir. Bunlar arasında veri dosyalarının kendisinden, bunları işlemek için kullanılan koda, çeşitli arşivlerdeki notlara ve gözlemlere kadar her şey yer alıyor. Bu ‘güçlü’ pozisyonun varyasyonları arasında, ana makale yayınlandıktan sonra materyallerin veri olarak yayınlanması da yer almaktadır (örneğin OpenContext veya Journal of Open Archaeological Data‘ya bakınız). Ben Marwick ve Mark E. Madsen gibi araştırmacılar arkeolojide bu alana öncülük ederken, Caleb McDaniel gibi akademisyenler de tarih alanında sınırları zorluyor. Basit metin dosyalarının (yazılı metin veya .csv dosyaları gibi tablo verileri) statik web sitesi oluşturucularla (yani WordPress gibi dinamik olarak oluşturulan veritabanı web siteleri yerine html) kombinasyonu, devam eden çalışmaların canlı olarak yayınlanmasını sağlar. Carl Boettiger sıklıkla bu hareketin savunucularından biri olarak gösterilir. Kendisi önemli bir ayrım yapmaktadır:

Bu [not defteri, blog değil], bilimsel araştırmalarımın aktif, kalıcı kaydıdır ve geleneksel kağıt ciltli laboratuvar defterinin yerini almaktadır. Not defteri öncelikle bilim yapmam için bir araç, onu iletmem için değil. Kayıtlarımı gelecekteki benliğim ve belki de işbirlikçilerim ve alanımdaki uzmanlar için anlaşılır olmaları umuduyla yazıyorum. Sadece ara sıra daha genel bir kitle için yazacağım. […] Bu sayfalarda sadece düşünceler ve fikirler değil, okuduğum literatüre, yazdığım kodlara veya el yazmalarına, karaladığım türetmelere, oluşturduğum grafiklere ve yaptığım hatalara referanslar bulacaksınız. (Boettiger 2017)

Büyük fon kuruluşları, destekledikleri araştırmalarda benzer bir şeffaflık talep etmeye başlıyor. Kısa bir süre önce Social Sciences and Humanities Research Council of Canada (SSHRC) veri yönetimi planlarına (ing. data management plans) ilişkin bir kılavuz yayınladı:

SSHRC fonları kullanılarak toplanan tüm araştırma verileri korunmalı ve makul bir süre içinde başkalarının kullanımına sunulmalıdır. SSHRC, verilerin toplandığı araştırma projesinin tamamlanmasından itibaren iki yılı  “makul bir süre” olarak kabul etmektedir.

Anekdot olarak, veri yönetimi planı ve/veya bilgi seferberliği planı bu konulardan sadece kısaca bahsettiği için fon verilmeyen çalışmalar da duyduk: “Bir blogumuz olacak ve verileri bir usb belleğe kaydedeceğiz” artık yeterli değil. Yakın zamanda yayınlanan “tekrarlanabilir araştırma” (ing. reproducible research) konulu bir vaka çalışması, Ben Marwick’in bu tür bir yaklaşımın sadece faydalarını değil, aynı zamanda “sorunsallarını” da detaylandıran bir katkısını içeriyor. Bunların başında, projeye katılan herkesin analizi gerçekleştirmek için komut dosyası kodunu kullanmayı kabul etmemesi (bunun yerine Excel’in işaretle ve tıkla özelliğini kullanmayı tercih etmesi), sonuç olarak ortaya çıkan çabanın tekrarlanması ve Microsoft araçları ile açık kaynak araçlarının ‘ikili evrenleri’ (ing. dual universes) olarak adlandırdığı durumdan kaynaklanan karmaşıklıklar gelmektedir. (MARWICK REF). Öte yandan, faydalar zahmetlerden daha ağır basıyordu. Marwick’in ekibi, sonuçları ve analizleri yeniden sorgulanabildiği ve yeniden incelenebildiği için, ürettiklerine alışılmadık derecede yüksek bir güven duyuyorlar. Verileri ve sonuçları, gözden geçirenler tarafından incelenebilecek eksiksiz bir revizyon geçmişine sahiptir. Kodları yeniden kullanılabilir ve yeniden amaçlandırılabilir, böylece sonraki araştırmalarını daha verimli hale getirebilirler. Marwick, diğer araştırmacılar tarafından çoğaltılabilecek kod, notlar, veriler ve yazılım bağımlılıklarından oluşan bir ‘özet’ oluşturmaya devam ediyor. Jupyter ile de başlatılabilen bu veri deposunu (repository) kullanarak kendiniz için bir araştırma özeti oluşturabilirsiniz.

Nihayetinde McDaniels, devam eden araştırmanın açık not defterini tutma konusunda doğru şeyler söylüyor,

Gerçek şu ki, başkası görene kadar elimizdekinin değerini çoğu zaman anlayamayız. Başkalarını devam etmekte olan çalışmalarımızı görmeye davet ederek, yeni yorumlama yolları açar, aksi takdirde bağlantısız olarak görmekte ısrar edeceğimiz şeyler arasında yeni bağlantılar ortaya çıkarır ve yol arkadaşlarımızla işbirliği için yeni fırsatlar yaratırız. Bunlar yayınlandıktan sonra da defterlerimizin paylaşılmasıyla gerçekleşebilir, ancak hangilerini yerleştirip hangilerini atacağımıza karar vermeden önce mücevherlerimizi gün ışığına çıkarsaydık yayınlarımızın nasıl zenginleşebileceğini ve gelişebileceğini hayal edin? Kaynaklarımızı başkalarıyla birlikte gözden geçirirsek ne gibi yeni parıltılar bulabiliriz?

Paralel bir gelişme de, materyalleri ön baskılar ve hatta taslaklar halinde, paylaşmak ve yorum istemek için çevrimiçi olarak yerleştirme uygulamasının artmasıdır. Örneğin Graham, devam etmekte olan daha uzun biçimli söylemsel yazılarını paylaşmak için bir blog kullanıyor. Hatta birlikte çalıştığı Ian Milligan ve Scott Weingart ile birlikte web üzerinden ‘canlı’ olarak bir kitap bile yazdı (hala The Macroscope‘ta görebilirsiniz). Devam etmekte olan taslağı paylaşmak, yazarken hataları ve eksiklikleri tespit etmelerini ve bireysel bölümlerinin ve kısımlarının sınıf müfredatlarına hemen dahil edilmesini sağladı. Kendi özel durumlarında, yayıncıları ile taslağın ‘bitmiş’ kitabın resmi olarak yayınlanmasından sonra bile çevrimiçi kalmasına izin veren bir anlaşmaya vardılar – şanslıydılar, çünkü yayınlandıktan hemen sonra başka bir bölüm yazdılar! Bunu yaparken, Planned Obsolescence adlı kitabı Media Commons’ın “comment press” web sitesini yazıları desteklemek için ilk kullananlardan biri olan Kathleen Fitzpatrick gibi akademisyenlerin çalışmalarını temel alıyorlardı. Commentpress, yaygın olarak kullanılan WordPress blog sistemi için bir eklentidir ve tek tek paragraflar düzeyinde yorum yapılmasına olanak tanır. Şu anda okumakta olduğunuz bu ders kitabı, elektronik metinlerin ortaklaşa okunmasını ve notlandırılmasını teşvik eden bir başka çözüm olan hypothes.is eklentisini kullanmaktadır. Bu, kişinin çalışmasını bu şekilde paylaşmasının bir başka güzel yan ürününe işaret ediyor: kişinin araştırması etrafında ilgi toplulukları oluşturma yeteneği. Kitz ve arkadaşlarının cildi, işbirliğini yönetmek için markdown metin dosyaları ile özünde Git kullanarak yazmak için grafik bir arayüz olan Gitbook platformu ile yazılmıştır. Kitabın commit geçmişi aynı zamanda kitabın nasıl geliştiğinin ve kimin ne zaman ne yaptığının da bir kaydıdır. Bir bakıma, Word’deki ‘değişiklikleri takip et’ gibi işlev görür, önemli bir farkla kitabın evrimi geri sarılabilir ve istendiğinde farklı branchlara (dallara) ayrılabilir.

İdeal bir dünyada, herkesin araştırma ve öğretiminde böylesine radikal bir şeffaflık için çaba göstermesini tavsiye ederdik. Ancak bir grup (çoğunlukla) beyaz, kadrolu erkek için güvenli olan şey, çevrimiçi olan herkes için güvenli değildir. Bu durumda bizim önerimiz, bireylerin Git’in, uzak depolarını (remote repositories) ve basit metin dosyalarının olanaklarından faydalanmaya devam ederken kendileri için en güvenli olanı değerlendirmeleridir. Bitbucket, yazım sırasında ücretsiz özel dijital veri depoları (private repositories) sunmaktadır, böylece değişikliklerinizi başkalarının materyallerinize bakma veya klonlama korkusu olmadan uzak bir dijital veri arşivine gönderebilirsiniz. ReclaimHosting akademik web hostingi destekler ve dosya paylaşım hizmeti Owncloud gibi özel bir ‘dropbox’ kurmaya imkan tanır.

Aşağıdaki alıştırmalarda, markdown dosyaları ve Github’da bir dijital veri arşivi kombinasyonu aracılığıyla basit bir açık not defterinin nasıl oluşturulacağını keşfedeceğiz. Nihayetinde, Ben Marwick tarafından geliştirilen ve başka bir araştırmacının makinesine yüklenebilecek bir ‘araştırma özeti’ oluşturma modelini destekliyoruz, ancak tarihçi Lincoln Mullen’in basit not defteri şablonları başlamak için iyi bir yer. Bu size dijital arkeologun araç setindeki bir başka aracı, açık kaynak kodlu R programlama dilini ve R Studio ‘IDE’yi (‘integrated development environment’) (entegre geliştirme ortamı) tanıtacaktır.

Araştırmanızı derlemek için daha fazla özellik ve yolu bir araya getirdikleri ölçüde çok daha karmaşık not defterleri mümkündür. Mark Madsen gibi akademisyenler Github sayfaları ve Jekyll blog oluşturucusu (blog generator) bir arada kullanmaktadır (statik web siteleri oluşturmak için Jekyll kullanımı hakkında daha fazla bilgi için Amanda Visconti’nin Programming Historian eğitimine bakınız). Basit bir Github deposu (Github Repository) ve WordPress blogu birlikte kullanılabilir, burada blog bir not defterinin anlatı kısmının, depoda bulunan notları anlamlandırmaya çalışan kısmının işlevini görür. Açık defter biliminin bu yönü, ciddi bir bilim insanı olarak iyi niyetinizi göstermesi açısından kritik öneme sahiptir. Çevrimiçi olarak sunulan araştırmalar bulunabilir; web aramasının çalışma şekli göz önüne alındığında, eğer bir şey kolayca bulunamıyorsa, var olmayabilir de.

Nihayetinde, sizin için en uygun araç kombinasyonunu bulmanız gerekecektir. Bazı öğrencilerimiz Scrivener‘ı not tutmanın bir yolu olarak kullanmakta başarılı oldular; Scrivener bir depo (repository) klasörüne veya web üzerinden senkronize edilen başka bir klasöre (örneğin Dropbox gibi) yazıyor. Bu iş akışında, proje başına bir Scrivener dosyanız olur. Scrivener, gerçek 3 x 5 not kartlarının görsel konseptini kullanır. Scrivener’da her not için bir kart yapılır ve bunlar bir ‘araştırma’ klasöründe saklanır. Daha sonra, projeyi yazma zamanı geldiğinde, bu not kartları taslağa taşınabilir ve gerektiğinde yeniden düzenlenebilir, böylece yazı onlardan doğal olarak oluşturulur.

1.4.1 Nasıl Soru Sorulur?

E-postada “Denedim ve işe yaramadı” yazıyordu. Neyi denedin? Ne işe yaramadı? Kod aslında ne diyordu? Gerçekte ne yazdınız? Kod veya bilgisayar söz konusu olduğunda soru sormanın bir sanatı vardır. Yardım almaya çalışırken karşılaşılan pek çok sorun, nihayetinde aptal ya da cahil görünme konusundaki doğal isteksizliğimizden, doğal suskunluğumuzdan kaynaklanmaktadır. Halka açık bir forumda ya da bir sınıf arkadaşınıza, akranınıza, profesöre ya da meslektaşınıza x’i nasıl yapacağınızı bilmediğinizi itiraf etmek göz korkutucudur. Bu durumda sizi Randall Munroe‘nun bu karikatürü üzerinde düşünmeye davet ediyoruz:

XKCD comic Ten Thousand

XKCD comic ‘Ten Thousand’

‘Nasıl soru sorulacağını’ öğrenmek aynı zamanda ‘sorulara nasıl cevap verileceğini’ de öğrenmeyi gerektirir. Bu da Kathleen Fitzpatrick’in ‘Generous Thinking” (Cömert Düşünme)‘ olarak adlandırdığı şeyle ilgilidir:

Cömert Düşünme, beşeri bilimleri cömertlikte ve özellikle de birlikte çalıştığımız insanlara ve materyallere karşı refleksif bir şekilde düşünmek yerine onlarla birlikte düşünme pratiğinde temellendirmenin, sadece akademisyenler arasında değil, akademisyenler ve etraflarındaki toplum arasında da daha üretken ilişkiler ve diyaloglar başlatabileceğini önererek [başlar] – Kathleen Fitzpatrick

Bu, meslektaşınızın ya da iş arkadaşınızın kodlarında ya da süreçlerinde (ya da çalışmalarında daha dijital bir hale gelme yolculuklarında) bir sorusu ya da sorunu olduğunda, Munroe’nun karikatüründeki çöp adamların yaptığı gibi, onlarla yüz yüze görüşmeniz anlamına gelir. Hiçbir şey dijital arkeolojinin ilerlemesine, eşik bekçilerinden ve kapalı kalmış bilgiden daha fazla zarar veremez.

Bir sorunla karşılaştığınızda – bir şeylerin ters gittiğini ilk fark ettiğinizde – durun. Nefesinizi toplayın. Bir işe yarayabileceğini umarak her şeye çılgınca tıklamayın.

When you run into a problem – when you first become aware that something is going awry – stop. Collect your breath. Do not click madly about in all directions, hoping that something might work.

  1. Bilgisayarınızdan uzaklaşın. Kapatın, uyutun, dışarı çıkın. Bazen her şeyden çok ihtiyacınız olan şey sadece taze bakıştır. Makineye 30 dakikalık bir aradan sonra geri dönün. Gerçekten tek ihtiyacınız olan şeyin nasıl da çoğunlukla ara vermek olduğunu görünce şaşıracaksınız.
  2. Bu sorunu çözmezse, bir sonraki adımınız diğer insanların makinenizde neler olduğunu yeniden oluşturmalarına (reproduce) yardımcı olmaktır. Bunu yapmanın çeşitli yolları vardır. Başlamak için metin düzenleyicinizi açın ve aşağıdaki başlıklarla yeni bir ‘date-my-problem.md’ dosyası oluşturun:
# what I wanted to do
  - include links to any websites or articles you were reading
    # what I did
  - include the history of commands you've typed by passing your command line history to a new text file with $ history > mycommands.txt . Open that file, annotate it / copy and paste it to your problem document
    # expected outcome
  - describe what you think ought to be happening
  - describe or list the software, the libraries, the packages you're working with
  - share the actual code you're using
    # actual outcome
  - what actually seems to be happening.
  - copy all error messages
  - take screenshots and put them online somewhere; include here the URL to the screenshot
  - sometimes even a video can be handy; screen-cast-o-matic.com lets you take a video with narration of what's going on, and can be shared via their servers

Zamanla, sorunu kısa ve öz bir şekilde tanımlama konusunda daha iyi hale geleceksiniz. Ayrıca sorunlarınızın çoğuyla daha önce de karşılaşıldığını öğreneceksiniz – iyi bir strateji, hata mesajınızın gerçek metnini Google’da aramaktır. Yardım isteme konusunda mükemmel tavsiyeleri olan Stack Overflow‘u keşfedeceksiniz. Diğer insanlara ne ile karşılaştığınızı gösteren kodlar oluşturmanıza yardımcı olacak kodlar bile var!

Yardım sorgunuz açık not defterinize de konabilir. Bu şekilde, açık not defteriniz yalnızca araştırmanızın kaydı değil, aynı zamanda başkalarının size katılması için bir davet haline gelir.

1.4.2 Tartışma

Tartışma Soruları:

  1. Arkeoloji literatüründe (jstor veya Google Scholar aracılığıyla) ‘vahşi doğada’ açık not defteri bilimi örnekleri arayın. Bir şey buluyor musunuz, buluyorsanız nerede? Dergilerin bu uygulamaya ilişkin engelleri var gibi görünüyor mu?
  2. Açık not defteri arkeolojisinin sunduğu olanaklar konusunda sizi heyecanlandıran nedir? Avantajları nelerdir?
  3. Sizi ne korkutuyor? Dezavantajları nelerdir?
  4. İnternette ‘bilimde tekrarlanabilirlik krizi’ni (replicability) araştırın. Arkeolojide böyle bir şey var mı?
  5. Marwick’in REF makalesini inceleyin ve onu destekleyen Github deposuyla karşılaştırın. Bu verilerle ilgili ne gibi yeni sorular sorulabilir?
  6. ‘Açık erişim’, ‘açık kaynak’ ve ‘açık bilim’ gibi terimler hangi açılardan benzer bir yaklaşımın eşanlamlılarıdır ve hangi açılardan farklıdırlar?

1.4.3 Çıkarımlar

Açık bir not defteri tutmak (veya gerekirse kapalı bir not defteri; aşağıya bakınız) geliştirilmesi gereken bir alışkanlıktır. Ulaşılması gereken bir hedef olarak, aşağıdakileri yapmaya çalışın:

  • her deney|proje (experiment|project) kendi klasöründe
  • her deney|proje; (experiment|project) için veri (data), şekiller (figures), metin (text) ve bib vb. gibi alt klasörler açılarak düzenlenmeli 
  • deneyler|projeler (experiment|project) için sürüm (versiyon) kontrolü olmalı 
  • veri yayınlama için bir plan. Bir seçenek, veri deposunu (repository) zenodo ya da benzeri bir siteye göndererek repository için dijital nesne tanımlayıcıları (DOI) alınmalı 
  • Proje süresince her şeyi not alma planı oluşturun.  bir başarısızlık günlüğü veya blog gibi ilerledikçe yazmak için bir planınız olsun. Bunun için de bir DOI alınmalı

Bu bölümde DOI’lerden bahsetmedik, ancak not defteriniz ve araştırmanızla ilgili anlatımınızın bir DOI’si olduğunda, meslektaşlarınızın çalışmanıza atıfta bulunması daha kolay hale gelir – bu devam eden çalışma olsa bile!

1.4.4 İleri Okuma

Baker, James. ‘Preserving Your Research Data’, The Programming Historian 

http://programminghistorian.org/lessons/preserving-your-research-data

1.4.5 Ayrıcalık ve Açık Not Defterleri Üzerine

Açık erişimli not defterlerini savunuyor olsak da, bunun arzu edilmediği veya güvenli olmadığı durumlar olabilir. Okuyucular ayrıca notlarınızı web tarayıcınızın önbelleğinde saklayarak gizli hale getiren, ancak aynı zamanda Dropbox gibi hizmetlerle senkronizasyona izin veren (sürüm oluşturma ve yedekleme hala kesinlikle kritiktir) bir Evernote alternatifi olan Laverna‘yı keşfetmek isteyebilirler. Eğer ağırlıklı olarak bir Mac bilgisayarda çalışıyorsanız, Brett Terpstra tarafından geliştirilen nvAlt uzaktan senkronize edilebilen kullanışlı bir not alma uygulamasıdır. Benzer yazılımlar PC’ler için de mevcuttur.

Açık erişimli bir defter tutmanın içerdiği ayrıcalıklar üzerine son bir söz söylemekte fayda var. Bir kişinin araştırmasını web üzerinde açık bir şekilde sunması, işe yarayan ve yaramayan şeyleri, denenen deneyleri ve keşfedilen çıkmazları açıkça tartışması, şu anda bunu yapan kişinin algılanan ırkına, sınıfına ve cinsiyetine bağlı bir şeydir. Ben (beyaz, kadrolu bir profesör olan Shawn Graham) bir şey yaptığımda yorum yapmadan geçip giden şey, beyaz olmayan bir kadın lisans öğrencisi denediğinde yersiz, istenmeyen ve haksız bir şekilde dikkat çekebilir. Bu her zaman yaşanıyor olmasa da, utanç verici bir şekilde çok sık gerçekleşiyor. Bu tür konularda sözde ‘internet kültürüne’ karşı mücadele etmek önemli ve gereklidir, ancak kişinin güvenliğini riske atmaya değmez. Ayrıcalıklardan yararlananlar için, işleri başkaları için güvenli hale getirmek, açık bilimin, açık beşeri bilimlerin alanımız için net bir nimet olduğunu kabul etmek onların görevidir. Bu durumda, bu tür uygulamaları normalleştirmek, bir şeyleri denemeyi güvenli hale getirmek onlara bağlıdır. ‘Failing Productively (Üretken Bir Şekilde Başarısız Olmanın)’ ne anlama geldiği, neden önemli olduğu ve neden sadece dijital arkeolojinin değil, daha genel olarak akademik araştırma, öğretim ve sosyal yardım kültürünün ayrılmaz bir parçası olduğu hakkında sonraki bölümde daha fazla tartışacağız.

1.4.6 Alıştırmalar

Bu alıştırma serisinde, sizi tüm kod ve verileri kontrol ettiğiniz açık bir araştırma not defteri oluşturma sürecine götüreceğiz. Not defteri tutma konusunda iyi bir kural olan ‘her düşünce için bir not kartı’, burada ‘her düşünce için bir dosya, her proje için bir klasör’ olarak uyarlanmıştır.

  1. Temel ODATE Binder’ı başlatın (Launch the basic ODATE Binder) (bizim versiyonumuza buradan erişebilirsiniz).
  2. “Research Project” (‘Araştırma projesi’) adında bir klasör oluşturun. En basit açık araştırma not defteri, bu proje içinde oluşturduğunuz bir dizi metin dosyası olabilir, bir dosya = bir fikir olacak şekilde oluşturulabilir. Her dosya .md markdown uzantısına sahip olmalıdır. Daha sonra metin içinde temel bağlantılar oluşturarak dosyalar arasında çapraz bağlantı kurabilirsiniz, örneğin[Graham 2016](graham-2016-reading-notes.md) dosyasındaki fikirler bana.... adresini düşündürdü.
  3. Klasör içinde yeni python veya R not defterleri de oluşturabilirsiniz. Research Project (Araştırma projesi) klasörünüzde yeni bir R not defteri oluşturun. İlk hücrede (cell), R için faydalı paketleri yüklemenizi sağlayan bazı kodlar yazacağız. R kullanıma açık bir dildir ve çeşitli şeyler yapan faydalı paketler oluşturan araştırmacılardan oluşan çok aktif bir ekosisteme sahiptir. Bu ekosistem hakem denetiminden geçmektedir. Bir paket hakem değerlendirmesinden geçtikten sonra, install.packages("name-of-the-package") komutu ile paketin adını seçerek R’a yükleyebiliriz. Ancak bazen resmi ekosistemde olmayan bir şeyi kurmak isteriz. Şu anda, arkeolog Sebastian Heath’in ‘cawd’ “Collected Ancient World data sets for R” yani “R için Toplanmış Antik Dünya veri setleri” adlı yararlı bir paketini yüklemek istiyoruz. Yeni R not defterinizin ilk hücresine aşağıdakileri yazın:
install.packages("devtools")
devtools::install_github("sfsheath/cawd")
install.packages("sp")

Hücreyi seçin ve run yani çalıştır butonuna basın.

4. Bu verilerin bir kısmını görselleştirelim. Yeni bir hücre oluşturun. R’ye yüklediğimiz bu yeni kütüphaneyi (new library) (bu yeni paketi) kullanmasını söyleyeceğiz ve içindeki bazı verilere bakacağız.

library("sp")
library("cawd")
par(mai=c(0,0,0,0))
plot(awmc.roman.empire.200.sp)

Bu, Roma İmparatorluğu’nun 200 yılındaki kapsamının bir haritasını çizmelidir. Bakalım burada başka hangi veri setleri var:

data()

.sp ile biten veri kümelerinden herhangi biri yukarıda yaptığımız gibi aynı şekilde çizilebilir.

Verilerle oynayın; cawd hakkında daha fazla bilgi için Sebastian Heath’in buradaki reposuna bakın. Henüz bu verilerle fazla bir şey yapmanızı beklemiyoruz. Bunun yerine, kurcaladıkça markdown hücreleri ekleyin. Markdown’unuza nasıl bağlantı ekleyeceğinizi bildiğiniz için, çalışmanızı örneğin JSTOR’daki makalelere veya diğer web sitelerine de bağlayabilirsiniz – kütüphane kalıcı bağlantıları, veri depoları (data repository) vb. Çalışmanızı kaydetmeyi ve git add (git ekleme), git commit (git işleme) ve git push (git gönderme) işlemlerini yapabilmeniz için terminali açmayı unutmayın.

5.Açık not defterinizi oluşturmak için bir başka seçenek de işaretleme (markdown) dosyalarınızı kendi makinenizde, Atom veya Sublime Text gibi bir metin düzenleyicide oluşturmak ve daha sonra bunları çevrimiçi hale getirerek bir şablonlama motorunun bunları gezilebilir bir web sitesine dönüştürmesini sağlamaktır. Bu özel durumda, mdwikiadı verilen bir şey kullanacağız. Mdwiki, bir dizi işaretleme (markdown) dosyasıyla aynı klasöre konulduğunda, işaretleme dosyalarını wiki tarzı bir web sitesinin sayfalarına dönüştürmek için bir tür sarmalayıcı (wrapper) görevi gören tek bir html dosyası içerir. Burada pek çok özelleştirme mümkündür, ancak şimdilik bir mdwiki şablonundan temel bir not defteri yapacağız.

a. Minimal mdwiki şablonunu Github hesabınıza çatallayın (to fork); md wiki şablonu bağlantısına buradan erişebilirsiniz.

b.Bu noktada, oluşturduğunuz ve mdwiki-seed\ll_CC\klasörüne kaydettiğiniz herhangi bir markdown dosyası bir web sayfası haline gelecektir, yine de URL’de .md uzantısı kullanılmalıdır. Klasör yapısını incelerseniz, sayfalar, pdf’ler, resimler vb. için önceden hazırlanmış klasörler olduğunu göreceksiniz (repoyu klonlarsanız, dosya yöneticisini kullanarak bu klasörleri istediğiniz gibi ekleyebilir veya kaldırabilirsiniz). Tüm dahili bağlantıları ilgili bağlantılar olarak çerçevelemeyi unutmayın. Yani, bir markdown dosyasını ll_CC/pages/observation1.mddosyasına kaydettiyseniz ancak ll_CC/pages/observation2.md dosyasına ilişkilendirmek istiyorsanız, sadece[Click here](observation2.md) eklemeniz yeterlidir. Çatalladığınız yani fork komutu ile kopyaladığınız  mdwiki-seed zaten bir gh-pagesdalında olduğu için, not defteriniz YOURUSERNAME.github.io/mdwiki-seed/ adresinde görünür olacaktır. Ancak unutmayın ki: sayfa yeniden yüklenecek ve URL’nin sonuna #!veya ‘hashbang’ eklendiğini göreceksiniz. Bu olağan bir durumdur.

c) Bunu biraz özelleştirelim. Github üzerinden ll_CC dizinine tıklayın. Listelenecek dosyalardan biri config.json‘dır. Eğer bu dosyaya tıklarsanız, şunları göreceksiniz:

{
 "additionalFooterText": "All content and images © by Your Name Goes Here ",
 "anchorCharacter": "#",
 "lineBreaks": "gfm",
 "title": "Your wiki name",
 "useSideMenu": true
}

Başlığı, Your-name Open Research Notebook (Adınız-Açık Araştırma Not Defteri) gibi bir şey yazacak şekilde değiştirin. Bunu dosya görüntüleyicinin sağ üst köşesindeki kalem simgesine tıklayarak yapabilirsiniz (kalem simgesini görmüyorsanız github’a giriş yapmamış olabilirsiniz). Daha sonra aşağıya kaydırın ve işiniz bittiğinde ‘değişiklikleri işle’ (commit changes) butonuna tıklayın.

d) Şimdi bu not defterine notlar ekleyelim. Bunu iki şekilde yapabilirsiniz. İlkinde, mdwiki-seed komut satırından klonlarsınız ve uygun klasörde (bu durumda ll_CC\pages) yeni sayfalar oluşturmak için metin düzenleyiciyi kullanırsınız, ardından git commit, git add ve değişikliklerinizi çevrimiçi olarak yayınlamak için git push  ve lskomutunu aşağıdaki gibi yeni bir dosyaya yönlendirerek bir tür içindekiler tablosu oluşturabilirsiniz:

$ ls > index.md

ve sonra bu dosyayı düzenleyerek dosya adlarını aşağıdaki gibi markdown bağlantılarına dönüştürün: [display text for link](filename.md).

Başka bir alternatif olarak, mdwiki ile birlikte kullanmak için daha şık bir yaklaşım Prose.io kullanmak ve not defterinizi web üzerinde canlı tutmaktır. Prose.io, Github’da bulunan dosyalar için bir editördür. Prose.io’ya github kimlik bilgilerinizle giriş yaparsınız ve düzenlemek istediğiniz veri havuzunu(repository), bu durumda mdwiki-seed‘i seçersiniz. Ardından, ‘yeni dosya (new file)’ butonuna tıklayın. Bu size bir markdown metin editörü verecek ve değişiklikleri not defterinize işlemenize izin verecektir! Uyarı:mdwiki kullanırken index.html üzerinde değişiklik yapmamaya dikkat edin. Belirli bir markdown dosyasının bir klasörde varsayılan sayfa olarak görünmesini istiyorsanız, dosyayı index.md olarak adlandırın. Daha sonra yedekleme amacıyla kendi makinenizdeki klonlanmış kopyanızı periyodik olarak güncelleyebilirsiniz.

Her iki durumda da, not defterine bazı notlar ekleyin ve (kendi gizlilik kaygılarınızı göz önünde bulundurarak) bunları çevrimiçi olarak erişilebilir hale getirin.

Referanslar

Boettiger, Carl. 2017. “Welcome to My Lab Notebook – Reloaded.” Website. Lab Notebook. http://www.carlboettiger.info/09/28/Welcome-to-my-lab-notebook.html.